Marie sinh ra ở Brussels, trong một lâu đài thuộc lãnh địa Coudenberg. Cha bà, Charles, khi ấy vẫn là Công tước xứ Charolais, và mẹ bà là Isabella của nhà Bourbon, con gái của Charles I, Công tước xứ Bourbon – một gia tộc có hậu duệ từ Louis IX của Pháp. Vào lúc bà sinh ra, theo ghi nhận của nhà sử học Georges Chastellain, đã đón nhận một tràn sấm vỡ òa của công chúng quý tộc Bourgogne. Cha đỡ đầu của bà là Louis, Dauphin của nước Pháp, người đang bị đày ải ở Bourgogne vào thời điểm ấy. Và chính Louis đã đặt tên cho bà, theo tên của mẹ ông là Marie xứ Anjou.

Ngược lại, ông nội của Marie là Philippe le Bon rất thất vọng khi biết Marie là một bé gái, và ông đã khước từ đến lễ rửa tội của cháu nội ông. Bà nội của Marie, Isabella của Bồ Đào Nha, rất vui khi biết tin cháu nội bà là một bé gái[2], và việc giáo dục của Marie được giao cho Anna van Bourgondië, một người con hoang bất hợp pháp của Philippe le Bon.

Năm 1467, Philippe le Bon qua đời, cha của Marie là Charles trở thành Công tước mới của Bourgogne. Thời điểm ấy, Charles không có con trai, nên Marie trở thành Trữ quân của ông. Thời điểm ấy là thời điểm hưng thịnh của Bourgogne, không chỉ là Công quốc, mà còn cả các Hạt địa tự do của Bourgogne (nay là khu vực Franche-Comté) và đặc biệt nhất là các Hạ Lãnh địa (Low Countries). Vì lý do này, Marie trở thành đối tượng kết hôn của giới quý tộc Châu Âu khi ấy, vào lúc 5 tuổi, bà đã được dự sẽ kết hôn với Ferdinand II của Aragon. Sau đó, đối tượng dành cho bà chuyển qua Charles của Valois, công tước xứ Berry, em trai của Vua Louis XI, tuy nhiên những dàn xếp này cuối cùng cũng không đi đến kết quả.